峻轩面见太子、韩朗，称已查出子弹是内鬼，欲杀他时被他反抗逃脱，如今证据确凿，让韩朗等人见子弹便格杀勿论，韩朗和太子对此半信半疑。子弹也突然出现在韩朗面前，求韩朗帮他，子弹称他查到峻轩勾结黑帮，独吞总裁的货，因此被峻轩禁锢，还要杀他，自己命大才能逃脱。
韩朗听完两人南辕北辙的陈述，满腹狐疑。关sir带陈sir找到张铤，让张铤协助调查一宗滥药伤人案，张铤大力配合，故意透露市面上出现一支新冰毒“绿魔”，原来张铤认定陈sir是黑警，故意给他情报。
陈sir发现张铤安排人跟踪他，斥责张铤错的离谱，因为黑警另有其人，他已锁定了可疑人士。陈sir约张铤晚上见面，欲告知真相，没想到到了约定的时间，张铤却见到陈sir跳楼身亡。
张铤手下追踪陈sir留下的线索，得知警队内鬼曾在鉴证科换了韩朗的手枪，伪造韩朗无罪的症状，内鬼便是换枪之人。
无间道3第12集剧情介绍(大结局)峻轩联系总裁，向总裁解释，总裁不肯定事件真相究竟为何，不愿意插手胜联内斗，决定暂停合作。峻轩被指控出卖胜联，在手下tiger掩护下逃离。子弹在韩朗面前演戏，装作逼供tiger，实则打晕tiger，编造峻轩北上深圳跟一伙“黑啡”的犯罪集团联络，并告诉韩朗。
韩朗和子弹亦北上调查“黑啡”行踪，发现了黑啡的仓库，还联系总裁要求增援。韩朗一行包围了仓库，果然发现峻轩和深圳犯罪集团在处理毒品，韩朗称峻轩这次已插翅难逃，总裁此时也出现，指峻轩让他失望。
突然公安出现包围了众人，原来这是子弹和峻轩的布局，目的是故意引出韩朗和总裁，一网打尽。这时韩朗才惊悉子弹是卧底。韩朗被押送回港后，有黑警欲营救，没想到早被张铤看破，张铤故意引出黑警，再围捕他们。
香港警队这边，缉毒科众人已经取得了确凿证据，张铤回警局后，马上逮捕了高层黑警，原来那黑警竟是关sir，杀害陈sir 的凶手也是他。
张铤让韩朗交出黑警名单，却赫然发现名单只有一部分，似乎还有一部分隐藏在黑暗中。峻轩亦被捕，但在牢狱中他终于不用再受无间地狱之苦，倍感平静。
