肖克凡在冷库里查出了走私烟，却被神秘人困在了冰库里面，还好伊梅马上找人求救，肖克凡才捡回了一命，韩丹红在医院一直照顾肖克凡。
徐涛找吴晓证实了秘方确有此事，但吴晓表示他把秘方存在了国外银行的保险柜里，不把他从监狱弄出去是不会说的。亨特得知吴晓给自己留一手的消息后，希望梁凯莉尽快将吴晓十天内送出监狱。凯莉只好让珍珍亲自出马来办此事。
郭万权和肖克凡带着搜查令来到林香农家里，林香农畏罪潜逃了，花匠黄显之称自己今后打算回贵兴老家。经过搜查，在一间地下密室内里发现了被绑架的马平和阿媛。肖克凡发现有人刻意割断了埋在密室地下的网线，林香农不会上网，马平被他关在小石屋内更不允许上网，这里只有黄显之的嫌疑最大。
韩丹红收到珍珍约她见面的消息，林香农也到了见面的地点，黄显之称自己就是珍珍。他向二人转告了梁凯莉的吩咐，一定要把吴晓从监狱里弄出来。
林香农用高价钱收买了徐涛，威胁徐涛如果不帮忙就说出上次林高义刺杀吴晓时的凶器是他传递的，说服徐涛把吴晓弄出监狱，徐涛只好答应。
肖克凡通过人脸拼图技术，查到黄显之是假名，他的真实姓名是陈德生，曾是一名蛇头，是珍珍的可能性极大。
代号蓝色行动分集剧情介绍 第17集肖克凡在搜查林香农家时发现一封林香农留给自己的信，信中他自称珍珍，肖克凡经过字迹分析，认为这是真的珍珍在故布疑阵，想利用林香农脱身。
徐涛利用假提审证件把吴晓带出了监狱，林香农在外接应并成功利用掉包记躲避了追捕的警车。警察待在青山岭追到嫌疑车辆时，车内已空无一人。黄显之、粱冠成、林香农、徐涛、吴晓一起躲到了一所废弃的仓库里。粱冠成在吴晓身上还是没有找到毒品配方。疑心的梁冠成一直对徐涛和吴晓进行秘密监听。
边防大队里，陈德生(曾用名为黄显之)、林香农、吴晓、徐涛等人统统被A级通缉了。徐涛得知自己被通缉后一脸沮丧，夜晚独自坐在床垫上看着于青蓝的照片黯然神伤。而此时，于青蓝也因一直联系不上叛变的徐涛而悄然落泪。吴晓对于被通缉一事不以为然，一直兴奋的准备领奖感言…….
梁凯莉和亨特准备实施一个“登月计划”，即偷渡计划。梁冠成企图在偷渡出境之前问出吴晓毒品配方的保存密码，但吴晓不肯交代，珍珍只好选择把吴晓偷渡出境。
通过安装在梁冠成办公室内的摄像头，卓雅发现梁冠成随身携带的的一个U盘上可能藏有重要情报。夜晚，卓雅偷偷潜入梁冠成的办公室，根据监控得到的密码，在他的邮箱里拷走了几张图纸。
代号蓝色行动分集剧情介绍 第18集吴晓把徐涛当作朋友，徐涛给吴晓出主意，让他向梁冠成打探何时、如何离开。吴晓果然从粱冠成那里得知了出逃方案：几个人待在一个能通过海关的集装箱偷渡到国外。集装箱是马平设计的，梁冠成从劳务市场找到一些懂技术的民工，让他们按照图纸制作这项秘密工程。
徐涛委托花衬衫帮他还球赛赌注，交给他一张银行卡并告诉他取款密码。之后此事被一直监视他们的梁冠成知晓，徐涛险些暴露卧底身份。此时边防部队内，郭万全告诉于青蓝，徐涛是被派往打入珍珍集团的卧底，于青蓝心中五味沉杂…
邓峰向警队人员公开了徐涛的身份，他随身携带的银行卡密码可以任意输入，密码就是徐涛向警队传递的暗号。经分析，得知珍珍集团要利用特殊集装箱将吴晓送走，邓峰马上通知海关严格检验货物且对梁冠成的鹏程公司的集装箱进行重点排查。
黄显之让粱冠成把卓雅抓为人质，用来威胁肖克凡。卓雅被带到一间废弃厂房时，黄显之在她身上发现了追踪器，揭露了卓雅国际刑警的身份，韩丹红很是惊讶。卓雅告诉了韩丹红她的父母并非死于海难而是偷渡，并有照片为证，韩丹红深信不已。此时邓峰也向警队人员宣布了卓雅国际刑警的身份。
马平给集装箱设置了一个机关，需要亲自输入密码，以防珍珍集团不带他出国。穿上警服的徐涛和身穿白大褂的林香农顺利蒙蔽医院工作人员的监视，把马平从医院给带了出来。由于集装箱内只能容下六个人，黄显之把最没有用处的林香农杀掉了。
代号蓝色行动分集剧情介绍 第19集（大结局）肖克凡带人监视海关码头，公安各部门紧张有序的执行各项工作，准备随时实施抓捕。
亨特怕中国警方将吴晓换作警方卧底，向梁凯莉提出要到国内当场验证是否是吴晓本人。珍珍收到计划调整的消息后，只让徐涛和马平待进了集装箱并把门锁上，二人对他来说已经丝毫没有用处了。肖克凡在海关处密切注视着一个安检信号异常集装箱,打开门后,徐涛走了出来并向肖克凡交待了珍珍的计划有变。
邓峰带来国际刑警组织的消息,亨特和梁凯莉已来到太平洋,目的很可能是接吴晓和珍珍等人。边防战士马上寻找犯罪份子的行踪。
当韩丹红从梁凯莉口中得知自己的父母确实是在偷渡中遇难时，心情难以接受。声称要和他们划清界限，黄显之把心情激动的韩丹红打晕在地。此时，边防警察已经将他们藏身的别墅严密包围，欲将珍珍集团一网打尽。
随后，梁凯莉、亨利、梁冠成等人纷纷被捕，吴晓被击毙，躲在窗外的黄显之向毫无防备的肖克凡连发数颗子弹，韩丹红替肖克凡挡抢身亡，死在了肖克凡的怀里，最终黄显之被击毙，卓雅和肖克凡两人之间的误会也终于化解，代号“蓝色行动”任务园满结束，我们的边防警察又开始了新一轮的打击犯罪任务……
