新皇搬进乾清宫居住，身体每况愈下。太子朱由校和李选侍陪伴左右。郑太妃推荐崔文升来为皇帝瞧病。
崔文升私下里约见魏忠贤万一出什么事请他多担待，并提醒魏忠贤谋取东厂提督一职。
皇帝病危，潘太医在崔文升开的药渣里发现端倪。皇帝传旨内阁大臣方从哲、刘一景、韩旷于乾清宫觐见，临终把太子托付他们。
余子介找到文中，带去王安的亲笔信。
明宫谜案第32集剧情介绍李选侍听信魏忠贤鬼话寻找曾得仙药的鸿胪寺丞李可灼。余子介护送文中、沈令誉回京。
李可灼进献仙药，皇帝吞下立刻神清气爽。崔文升来找魏忠贤商量自己的退路，魏忠贤劝其让郑太妃向皇帝请旨赶自己出宫命，并说出了当年“梃击案”是自己把刺客换成了张差。
内阁首辅方从哲向潘太医说起皇帝的奇事，潘太医料定此乃皇帝回光返照。
明宫谜案第33集剧情介绍郑太妃深夜看望皇帝，皇帝同意郑太妃让福王进京朝见。皇帝指派魏忠贤担任东厂提督一职。
皇帝病重，再次召见群臣，宣旨郑太妃封皇太后一事作罢，册封李选侍为皇贵妃。
皇帝精神萎靡，向魏忠贤索要第二粒仙药，魏忠贤为撇清嫌疑，让李选侍领太子给皇帝送药。
文中觐见皇帝，并让沈令誉为皇帝把脉。沈令誉断定皇帝时日无多。
明宫谜案第34集剧情介绍皇帝常洛在位一月既已离世。李可灼被魏忠贤压入东厂大狱。郑太妃命国泰在大臣中挑起拥立福王为帝的议论，国泰劝姐姐早日收手。
魏忠贤污蔑文中、沈令誉与皇帝之死有关，抓走二人。福王回京，郑贵妃劝其争抢王位。
群臣在大殿商量先皇大行事宜，魏忠贤命人带走福王。
李选侍不让太子召见群臣，大臣杨涟带众大臣去乾清宫争抢太子。
明宫谜案第35集剧情介绍王安带太子会见群臣，群臣拥戴新皇登基。新皇朱由校离不开乳母客氏，群臣只得让魏忠贤请客氏照顾皇帝起居。
余子介来东厂大牢探望文中，文中拜托子介找杨涟、左光斗向皇帝禀明事实，救出沈令誉。
魏忠贤唆使皇帝憎恨李选侍，并封赏客氏及其家人，同时分别约见杨涟、左光斗和李选侍，两头激起矛盾，刺激大臣们前来逼宫。李选侍被迫离开乾清宫。
